【摘  要】权责发生制政府财务报告制度改革顺应了公共财政管理的发展趋势，也促进了《政府会计制度》“双报告”的具体落地实施。公立医院严格执行政府会计制度，为报告编制提供完整可靠的会计信息，但因报告编制需要清理核对部门内和部门间往来收支业务，医院在对账过程中可能出现一些因双方会计核算方式不同而导致的无法抵消的差异事项。本文以科研经费转拨为例，重点讨论因核算方法使用差异导致的在政府财务报告编制过程中不可完全抵消的事项，探讨在《政府会计制度》下如何确保数据准确的同时高效完成报告编报工作。