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厦门大学附属福州第二医院始建于同治五年（1866年），前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的“海港医馆”。1887年易名为“塔亭医院”，1956年3月更名为“福州市第二医院”，1984年经福建省人民政府批准，增挂“福建省福州中西医结合医院”， 2013年4月为厦门大学附属福州第二医院，为全国三级甲等中西医结合综合性医院，是全国重点中西医结合医院建设基地之一。
全院设有41个临床科室，11个医技科室，实际开放床位数1568张。以骨伤科为龙头，集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的中西医结合医院。为厦门大学医学院、福建医科大学、泉州医学高等专科学校、福建卫生职业技术学院教学医院，福建中医药大学骨伤博士、硕士研究生及中西医结合临床医学硕士研究生培养基地。
医院拥有福建省中西医结合学会、福州市中西医结合学会，现有福建省新生儿救护分中心、福州市急救中心、福州市骨伤康复中心、福州市临床检验中心、福州市急救质量控制中心、福州市护理质量控制中心、福州市放射诊断质量控制中心、福州市麻醉质控中心等22个省市级医疗科研机构。医院现有职工1644 名，其中卫技人员1480人，占全院职工的90.02%， 其中高级职称207人，中级职称348人，硕士141人，博士10人,博士后1人。65人担任全国和省级各学术团体委员、常委、副主任、主任委员职务 。
医院秉承“继承不离古，发扬不离宗”的发展理念，努力挖掘和建设中西医结合特色专科，建有中西医结合重点专科8个，其中中西医结合骨伤科为国家中医药管理局重点建设学科，重症医学科为“十二五”国家重点培育项目；骨伤康复科、神经专科为省级重点专科；肿瘤专科、心内科、消化内科、神经内科为市级中西医结合重点专科。8个重点专科床位数达905张，重点专科床位数占全院床位数的69.6 %，其中中西医结合骨科病床数占全院床位数的38.5%，占重点专科床位数的60.8%，并加强与海峡东岸骨科的强强联手，成为了海峡西岸规模最大的中西医结合专业骨科。
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